Órfãos do Eldorado demonstra ser uma história repleta de desencontros. Arminto Cordovil, o narrador de todo o romance, é rejeitado pelo seu pai Amando, por dois motivos: primeiro, a culpa que este atribui ao filho pela morte de Angelina, a mãe que morre ao parir Arminto, e o fato de encontrar o menino na rede com Florita, a qual tira a virgindade da juventude do mesmo.

​

Aos 20 anos, Arminto é levado para Manaus e passa a morar em uma pensão completamente desconfortável, a pensão Saturno, que Amando usa para punir o filho por ter abusado de Florita. É possível notar que o narrador fica abatido por estar longe de seu pai e o seu grande consolo vem do seu anjo da guarda, a mulher que lhe cuidou desde pequeno: Florita. Primeiramente, Arminto começa a estudar para entrar numa faculdade de direito, o que é incentivado por Estiliano, um grande amigo de seu pai. Porém, começa a levar uma vida boêmia, que é logo desmascarada por Amando. Então, Estiliano pede para que ele desembarque em Vila Bela, a fim de que faça as pazes com o seu pai, o qual já está ficando velho. Arminto não gosta da ideia de ter que sair de Manaus, mas como sente falta de ter contato com Amando, aceita a proposta.

​

Vila Bela é lugar onde Arminto passou a sua infânica e que abriga a mais valorosa propriedade que o ambicioso pai construiu : o palácio branco. Chegando lá, o narrador presencia a morte de Amando, o qual deixou a empresa de transporte de carga como herança para o filho. Porém, Arminto administra esta de forma desleixada, sempre fugindo das obrigações que lhe exigia. Este foi um dos fatores para que a empresa começasse a entrar em crise e isso foi definitivo quando o grande barco Eldorado ( a representação concreta da terra prometida)afundou, o que queimou toda a fortuna que a família Cordovil conquistou. Consequentemente, Arminto teve que vender todas as propriedades que o seu pai tinha e gasta todo o dinheiro ganho com coisas fúteis.

​

A história gira em torno do imenso amor que Arminto sente por Dinaura, uma índia orfã de poucas palavras que sempre encantava o mesmo e logo em seguida fugia. Ambos se encontravam sempre às cinco horas da tarde de sábado na praça e foi em um desses encontros que tiveram uma noite de amor. Depois desse acontecimento, nunca mais Arminto encontrou Dinaura, pois esta não estava mais morando em Vila Bela e alguns rumores diziam que a mesma estava em uma cidade encantada, debaixo da água.

​

No final da história, Estiliano, já a beira da morte, conta para Arminto que Dinaura ou era filha ou amante de Amando e que na verdade a moça tinha ido para o Eldorado, uma ilha. Arminto foi em busca de sua amada, porém nunca mais a encontrou. Florita morre e o narrador acaba com uma vida miserável: sem dinheiro, sem o amor, sem ninguém que tivesse afeto.

​

​